NHK Ni Youkoso! gira entorno a las vidas de jóvenes-adultos viviendo en la ciudad de Tokio. Muchos de los diferentes estilos de vida que se muestran en la trama se centran en los conceptos hikikomori, anime, otaku, y en las diferentes e intensas experiencias a las que los personajes se enfrentan, como depresión y soledad.
El protagonista principal es Tatsuhiro Satou, un ex-universitario entrando en su 4º año de desempleado. Lleva una vida totalmente reclusiva como hikikomori, donde finalmente llega a la conclusión bizarra de que lo que le está pasando tiene que ver con una conspiración. Un día en el que no parecía que nada en su vida fuera a cambiar, conoce a Misaki Nakahara, una misteriosa chica que quiere intentar curar a Tatsuhiro de su problema reclusivo. Misaki se presenta a Tatsuhiro con un contrato, en el que básicamente se explicita que cada día deben encontrarse en el parque por la tarde-noche, donde Misaki le leerá libros
