Japón, como potencia militar ha conseguido crear Exoesqueletos Armados (vamos los robots de combate de toda la vida) los cuales fueron llamados IS (Infinite Stratos) y se han convertido en la principal arma de combate. Como dichos robots solo pueden ser pilotados por mujeres, se rompe el equilibrio de poder y las mujeres dominan la sociedad por encima de los hombres y prácticamente forman toda la fuerza de combate. Nuestro protagonista Orimuka Ichica un chico de 15 años toca por accidente uno de estos IS y provoca una reacción con lo que le convierte en el único chico capaz de pilotar un IS y es obligado a ir a la escuela militar. Así que cuando entra se reencuentra con sus amigas de la infancia y se da cuenta de que es el único chico de toda la escuela.