Mato Kuroi acaba de ingresar en la escuela secundaria, y el primer día, alguien llama su atención, su compañera de clase Yomi Takanashi. Se conocen. La inocente e ingenua Mato. La madura Yomi. Parecen opuestas, pero el tiempo que pasan juntas sólo fortalece una creciente amistad. Pero a medida que avanzan en su segundo año en la escuela, son enviadas a clases distintas, y comienzan a crecer, aparte. En algún lugar al mismo tiempo... En otro mundo, una chica joven, en la cual reside un ardiente fuego azul en su ojo, Black Rock Shooter, se enfrenta a otra joven, cuya sostiene una guadaña de color negro azabache, Dead Master. Una batalla a muerte empieza.